杏林大学设有四个学部，分别为医学部（医学科）、保健学部（临床检查技术学科、健康福祉学科、看护学科、临床工学科、紧急救护学科、理学疗法学科）、综合政策学部（综合政策学科、企业经营学科）、外国语学部。大学院设有医学研究科（生理学系专攻、病理系专攻、社会医学系专攻、内科系专攻、外科系专攻）、保健学研究科（保健学专攻、看护学专攻）、国际协力研究科（国际开发专攻、国际文化交流专攻、国际医疗协力专攻、开发问题专攻），以及日本语研修课程。校长致辞（摘选）：21世纪，是必须以全球规模的眼光来考虑一切事物的时代。杏林大学正是立足于这个视点，不仅教授学生们学习各专业分野的知识，而且还要培养出可以以发展性的广阔视野来思考，并且自律的人材。