通化十三中分校建校于2005年，其前身是通化铁路第二中学，目前的校长是付葛。校内现教学大楼于2006年建成，使用面积3520平方米，占地面积8500平方米。内部设有物理、化学、生物实验室和图书室、阅览室、心理咨询室、教职员工活动室、音乐教室、美术教室、微机室、电子备课室、多功能室等设施。操场上联合器械、体育器械齐全。