柏林自由大学成立于1948年12月4日，前身为柏林大学，1810年柏林大学建立，到第二次世界大战结束为止柏林只有一个“柏林大学”。冷战期间，柏林大学被划入东柏林境内，部分师生从原校出走，并在美英等西方阵营的支持下，1948年于西柏林成立了“自由的柏林大学”（即今柏林自由大学），柏林大学分裂之后，位于东柏林的原址校区则于1949年改名为现今的柏林洪堡大学。