剧场版动画《凉宫春日的消失》改编自日本轻小说家谷川流原作的《凉宫春日系列》轻小说的第4卷《凉宫春日的消失》，也是《凉宫春日系列》被改编的第一部剧场版动画。在2009年10月9日凌晨（日本习惯称为8日深夜）播放完毕的电视动画《凉宫春日的忧郁（2009年版）》最终话结尾，动画制作方京都动画公司发布了《凉宫春日的消失》剧场版动画化的消息。剧场版与此前的电视动画系列同为京都动画制作，于2010年2月6日在日本正式上映。