上溪自然保护区保护区大体可分为热带沟谷雨林动物群、热带山地雨林动物群、山地次生灌木草坡动物群、农田动物群等4个动物群。根据近年的调查，上溪地区记录的陆栖脊椎动物有27目76科232种。其中两栖纲2目6科22种，爬行纲3目11科39种，鸟纲14目38科128种，哺乳纲8目21科43种。