崇明东滩鸟类自然保护区的整体面积在241.55平方公里，其保护对象主要是湿地系统跟水鸟们。根据相关的调查表明，尤其是1996－1998年，都说明了崇明东滩是候鸟迁徙路线上的重要驿站，同时崇明东滩又是白头鹤，小天鹅等珍稀水禽的重要越冬地，其中国家一级保护鸟类白头鹤已连续十余年选择崇明东滩作为越冬地，数量达到130余只。