纳特龙湖位于东非大裂谷东部，湖泊由于部分断层塌陷形成。湖水里有着各种各样的矿物质，在湖泊旁边还有一座被称为盖拉伊火山的活火山。火山喷发将大量含有碳酸钠的岩浆侵入湖水，同时根据降雨量的不同湖泊的水位也会发生一定的变化，造成湖水的ph值在9到10之间浮动，其碱度与氨差不多。