圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山，由葡萄牙人建造于1521年。教堂前有圣方济各的雕像，他是一位著名的传教士。荷兰人在1670年占领后将教堂改成了城堡，至今仍可见到子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则成为荷兰贵族的墓地，保留了一些墓碑。教堂内有圣方济各的临时墓地，站在教堂上可以俯瞰整座城市并欣赏到荷兰墓碑。