莱拉的天际方舟故事讲述了一天早上，莱拉和她的朋友以及博士父亲醒来后面对一群可怕的敌人们，指挥官和他的手下侵入彩虹方舟，试图偷走所有的魔法和音乐元素，要打败敌人们，使用各种的强大的武器进行攻击，消灭Boss,揭开隐藏的，破解各种的难题。