三趾心颅跳鼠体型小，体长一般不超过60毫米。尾细长，约为体长的两倍，尾毛稀疏，尾鳞可见，尾末有稀疏束状长毛，尾基于夏秋季变粗。后肢比前肢长，后肢为三趾，趾下有长毛形成刷状毛垫。头部颜色淡沙黄色，背部毛色土棕灰色或灰红棕色，体侧较浅，腹部及前后肢白色。尾部浅灰棕色，尾上部较下部颜色深，尾末端毛色灰褐色，尾端散射的长毛为白色污黄色。头骨结构特殊，颧弓不外扩，前部宽，颧突腹面突起尖长，长度超过颧弓后部长度的一半，听泡发达。该物种被列为IUCN 2013年濒危物种红色名录中的易危物种(VU)。