昌吉位于新疆维吾尔自治区中北部，南部是天山山脉，北部是浩瀚的沙漠，中部是广阔肥沃的冲积平原，全市面积7964平方公里，其中市区13平方公里。 昌吉属中温带大陆性气候，最高气温42℃，最低气温－38.2℃，年降水量山区534.3毫米，平原180毫米，具有昼夜温差大、夏热冬寒、干旱少雨的特点。市内有头屯河、三屯河，年径流量5.62亿立方米，是农业用水的主要来源。